Todo trabalho de auditoria está sujeito ao chamado risco de auditoria. Esse consiste no risco de obter conclusões incorretas ou incompletas, de forma que gere informações desequilibradas ou não agregue valor aos usuários. Um trabalho de auditoria que tenha por objetivo avaliar a efetividade de programa governamental pode trazer o risco de se indicar a descontinuidade de um programa efetivo, em decorrência de metas mal dimensionadas ou de critérios de avaliação inadequados.
Uma maneira adequada de mitigar esse risco é: