Em 22 de setembro de 1890, o Distrito de São Gonçalo é emancipado politicamente e desmembrado de Niterói, através do Decreto estadual nº 124. Em 1892, o Decreto nº 1, de 8 de maio, suprime o município de São Gonçalo, reincorporando-o a Niterói pelo breve período de sete meses, sendo restaurado pelo Decreto nº 34, de 7 de dezembro do mesmo ano. Em 1922, o Decreto 1797 concede-lhe novamente foros de cidade, revogada em 1923, fazendo a cidade baixar à categoria de vila. Finalmente, em 1929, a Lei nº 2335, de 27 de dezembro, concede a categoria de cidade a todas as sedes do município.
Em 1943, ocorre nova divisão territorial no Estado do Rio de Janeiro e São Gonçalo perde, para o município de Niterói, o Distrito de: